商品有機肥和糞肥不一樣
商品有機肥和糞肥同樣能夠補充有機質，促進團粒結構的形成。但從綠色健康可持續發展方面來講，商品有機肥更有優勢。這是因為商品有機肥與糞肥有很多不同之處。
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首先，商品有機肥比糞肥“無害”。
兩種肥料的區別重點在于“腐熟”和“無害”。與商品有機肥相比，糞肥存在許多缺陷：
糞肥
一是含鹽分較多，容易使土壤鹽化。
二是糞肥帶有大量的病菌、蟲卵，最易引發棚室內的病蟲害；
三是糞肥養分含量不穩定，不能做到合理補肥。
四是糞肥內若含有害物質、重金屬物質時，僅憑借高溫發酵不能去除。
畜禽糞便對土壤既有有利的一面，也有不利的一面，兩個方面在一定條件下能夠相互轉化。畜禽糞便的有利一面在于：能夠作為肥料施用于農田培肥土壤;經常施用糞肥也能提高土壤抗風化和水侵蝕的能力，改變土壤的通氣和耕作條件，增加土壤有機質和有益微生物的生長。
不利的方面在于：過度使用未經無害化處理的糞便會危害農作物、土壤、地表水和地下水水質。在某些情況下(通常是新鮮糞便)有燒苗現象;大量使用糞便也能引起土壤中溶解鹽的積累，使土壤鹽分增高，植物生長受影響。據報道，1999年在非洲有31%的牧場因畜禽糞便污染導致土壤發生鹽漬化，土壤肥力下降。
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其次，商品有機肥改良土壤效果更迅速
若是土壤出現了不良狀況，使用商品有機肥改良比糞肥更加快速。
這是因為商品有機肥具有潔凈性和完熟性兩大特點。商品有機肥在制作過程中不僅進行高溫殺菌殺蟲，通過微生物完全發酵，并且很好地控制氧氣和發酵溫度，使有機物質充分分解成為直接形成團粒結構的腐殖質等，同時產生的氨基酸和有益代謝產物得以保留。使用后不會產生對蔬菜有影響的物質。
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再次，商品有機肥的養分配比更合理
商品有機肥中的各類養分是可調整的，可以針對不同的土壤狀況使用不同養分含量的產品。
棚室土壤改良選擇什么樣的商品有機肥
商品有機肥的品種很多，而用于制作商品有機肥的原料更多，因此在改良土壤的時候也應選擇合適的商品有機肥。那么哪些原料可用于制造商品有機肥呢？
一是自然界有機物，如森林枯枝落葉。
二是農業作物或廢棄物，如綠肥、作物秸稈、豆粕、棉粕、食用菌菌渣。
三是畜禽糞便，如雞鴨糞、豬糞、牛羊馬糞、兔糞等。
四是工業廢棄物，如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、味精發酵氨基酸尾液。經過無害化處理以后，這些原料生產的商品有機肥都可以用于棚室蔬菜生產。
而商品有機肥根據功能不同又分為很多種類，在補充有機質的基礎上添加大中微量元素、甲殼素、生物菌等等不同的功能物質，使得商品有機肥的效果又大大提升。
在這里分析兩類：
一是含有甲殼素的有機肥。甲殼素的功能很多，很多農民也學會了使用甲殼素來生根養根，同時對于有根結線蟲的土壤，可使用甲殼素與阿維菌素配合防治。在有機肥中添加了甲殼素，在改良土壤的同時可利用甲殼素抑制霉菌等有害菌的滋生，提高放線菌等有益菌數量的特點減少土傳病害的發生。當蔬菜定植后，甲殼素養根護根的作用也可充分發揮出來。真正達到改土防病養根護根的效果。濟南阿波羅甲殼素肥業有限公司的智能牌功能性有機肥在這方面走在了商品有機肥的前沿。
二是含有生物菌的有機肥。生物菌與有機肥配合使用，能更快更好地改良土壤，主要有兩大特點：
一是富含有益微生物菌群，環境適應性強，易發揮出種群優勢。
二是富含生理活性物質，如吲哚乙酸、赤霉素、多種維生素以及氨基酸、核酸、生長素等。
商品有機肥不同于糞肥使用方法應有變
雖然說商品有機肥與糞肥同樣能夠改良土壤，但使用方法是不一樣的。記者在采訪時了解到，有些農戶使用商品有機肥后感覺不如糞肥有效果，這是因為使用的方法沒有改變造成的。在這里提醒大家，使用商品有機肥時要做好以下三點：
首先，底施要足量。
有些農戶感覺商品有機肥價格較貴，不如糞肥用量大。但在改良土壤時需要補充足夠的有機質才能起到一定的效果。因商品有機肥已經過無害化處理，不會像糞肥那樣產生燒根熏苗的情況。因此，使用商品有機肥時要使用足夠的數量。
其次，穴施溝施要正確。
很多菜農的有機肥使用方式是穴施或溝施，需要注意的是要與植株根系保持一定的距離。比如在兩行蔬菜的中間溝施，也可在兩棵植株間穴施。
再次，講究與其他肥料配合。
商品有機肥的主要作用是改良土壤，維護土壤生態。里面含有的大中微量元素畢竟有限。在高收入經濟作物使用時一定要與其他類型的肥料配合使用。如與生物菌肥、大量元素水溶肥等等
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